Prejudicar vai. Impossível manter a mesma qualidade de treino e hipertrofia praticando um esporte como jiu-jitsu. Você irá treinar cansado, com dor, com lesão, etc.
Mas eu não substituiria pelo cardio. Seria o mesmo que falar "vou transar duas vezes na semana, por isso tiro o cardio". Haha
E cara, você tem que fazer o que gosta. Vai parar de treinar jiu só por conta de render 100% na academia? Faz suas coisas, renda 80%, e seja feliz. Tu não é atleta pelo jeito.