Tenho a mesma situação que vc, mas no meu caso a protusão, evoluiu para uma, extrusão(hérnia).
Também estou fazendo pilates.
Vc está em crise(dor)?
O que me orientaram, foi para ganhar resistencia muscular no core com o pilates, 3 meses e depois voltar a musculação, com restrições(proibição inicialmente de exercicios que comprimam a coluna) condicionar o corpo durante um periodo(6 meses a 1 ano) e depois voltar a fazer hipertrofia.
Uma dica é evitar aumentar muito seu peso corporal, pois isso sobrecarrega a coluna.