Depende do termogênico.
Mas via de regra, se sua prioridade é perda de gordura (ganho de massa é consequência de bom treino), você quer a substância agindo o máximo de tempo, visando queima de gordura durante o dia todo.
Então a resposta é: depende. Depende se o cardio ocorre junto do treino (logo após) ou em horário separado (cardio de manhã e treino a noite, por exemplo).
Se puderes detalhar melhor a tua rotina de cardio e treino com os horários, qual termogênico, e principalmente como está a sua dieta, pois é isso que irá ditar de fato a perda de gordura.