Amigo vejo que você está começando nesse mundo agora, em primeiro lugar. Se você está pagando pelo acompanhamento profissional, questione sobre tudo com o profissional, mande mensagens, pergunte, pois você está pagando por este serviço.
Você pode tomar o suco junto com a refeição sem nenhum problema, pra gerar um desconforto abdominal você teria que beber bastante líquido, um copo de suco é tranquilo.
Outro ponto, essa nutricionista te deixou a opção de tomar o suco, ou te passou o suco com algum intuito de "perda de peso" devido ao limão? Cuidado com alguns nutricionistas, você pode estar jogando dinheiro e tempo fora, o suco não lhe trará nenhum resultado além de matar sua sede.