Eu já tive 2 gestações e voltei ao treino de musculação normalmente. Não há nada, em princípio, que vc não possa fazer, mas deve recomeçar como se fosse iniciante e não como já praticante. Dê uns 3 meses para seu corpo se adaptar, no pós parto, e volte à academia treinando 3 x por semana todos os músculos (fullbody) de forma mais leve, até ir se acostumando novamente com o esporte.
Não se esqueça que lactantes devem se alimentar bem, ainda mais se praticantes de atividades físicas. Água tem de ser aos baldes e muitos nutrientes dos alimentos, sem exceder no que não presta, como frituras, doces, refris e afins.
Sobre suplementação, eu diria: nem pensar! A saúde de seu bebê em primeiro lugar. Tudo que vc botar pela boca, vai para a criança. Só se toma suplementação durante a lactação com recomendação médica. E não é de qualquer médico.