Eu também tenho protrusão discal entre as vértebras L5 e S1.
Fiquei sem agachar e sem fazer terra por cerca de 3 meses (foi há quase 3 anos), depois disso retornei lentamente e hoje faço esses exercícios sem qualquer problema e com cargas maiores do que antes da lesão (e execução bem melhor, também).
Chances de lesão sempre existem, mas há formas de diminuir os riscos. Preocupe-se em fortalecer o seu core e sempre cuide para executar os exercícios da forma correta (quando notar que a execução começa a ficar ruim, pare, mesmo achando que daria para fazer mais algumas repetições).
Filme a execução para saber se está fazendo corretamente.
Além disso, não é por não fazer agacho e terra que você está livre de se lesionar - outros exercícios podem ser bem mais lesivos e você não sabe.
O simples fato de passar o dia sentado já contribui para isso...