Hmm, você pisa com a ponta do pé quando corre, e o calcanhar chega a encostar no chão?
Se ele não encosta, esse provavelmente é o motivo das suas dores: as panturrilhas ficam constantemente contraídas, o tempo todo.
Eu estou experimentando com novas formas de correr (método Pose), pisando com a ponta do pé (mas não os dedos), e eventualmente tenho dores nas panturrilhas; elas melhoraram bastante depois que eu comecei a encostar de leve o calcanhar no chão (foi a recomendação que eu li em um fórum gringo).