CaioCab

Tríceps francês, com halteres ou barra ou usando polia, é um ótimo exercício pra hipertrofia e é melhor que extensão de tríceps na polia, por exemplo (tem até estudo mostrando uma grande vantagem). Isso ocorre provavelmente pela posição mais alongada do tríceps qd o braço está acima da cabeça.
 
Dito isso, a posição pode ser desconfortável para os ombros mesmo. Se for, melhor evitar e fazer tríceps testa deitado no banco ou no chão - não vai ter o mesmo grau de alongamento do francês, mas vai ser melhor que o polia tradicional.

Seu desconforto é devido ao grau de flexão na articulação do ombro. 

Em suma, a posição das mãos/pegada pouco irá fazer diferença, pois o ombro continuará flexionado acima dos 90º.

Como os colegas citaram acima, sugiro que adapte o exercício. Talvez o tríceps testa possa te ajudar a aliviar esse desconforto. 

Execução do vídeo é bem lixo. Quando o braço está esticado em cima a tensão no triceps é zero.
O mais fácil é fazer deitado mesmo. Se conseguir com o banco inclinado a 30º pra ficar ainda mais alongado melhor, mas cuidado para não abrir o cotovelo e fuder o ombro

para iniciante qqer exercico vale

Fixas no chão.