Bom, eu tenho condromalacia, e os exercícios que eu faço são 100% focados no ângulo, postura, e menos no peso (até faço com a carga leve).
NO MEU CASO, fui instruída a sempre fazer exercícios que evitem, ao máximo, a dobra do joelho. Extensão com iso, leg press, glúteo com caneleira, no cross ou na máquina, abdução, aducao, na máquina ou com caneleira, agachamento, etc... (MAS COM ACOMPANHAMENTO PROFISSIONAL, ISSO É MUITO IMPORTANTE, PORQUE A CARGA, ÂNGULO E POSTURA CONTAM MUITO).
A extensão, faço sempre com o joelho parado (ou seja, faço iso por 30-40s, mas cuidando o ângulo do joelho, a minha postura na cadeira extensora, essas coisas).
Faço cadeira flexora, flexor em pé normalmente, agachamento só no Smith, cuidando pra não passar dos 90 graus, pra colocar o peso só no calcanhar, e colocando carga somente quando eu me sentir muito segura.
De qualquer modo, é uma boa você falar com um personal, médico ou fisioterapeuta, e descobrir qual o melhor treino para o seu tipo de problema.
Algo que seria muito bom para a readaptação e força, é pilates.
Espero ter ajudado. É importantíssimo vc fazer tratamento e acompanhamento profissional para não piorar o grau da sua lesão. Eu faço tratamento com medicamentos também, e olha que a minha condromalacia é grau I.